[HPC] 분자 동역학 해석 SW – lammps 설치 및 사용하기

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lammps 설치 및 사용하기

작성일 : 2008년 6월 25일
작성자 : 서진우

1. fftw 설치 하기

fftw 는 현재 3.x 까지 나와 있지만 mpi를 지원하기 위해서는 2.1.5 버전을 사용해야 한다.
double/single 두가지 precision을 모두 지원하기위해 다음과 같이 두번 컴파일 한다 .
설치하기 전에 mpich를 설치 해야 하고 fftw configure 설정 시 해당 Mpi에 대한 환경을 정의하게 된다.
만일 기본적으로 다른 mpi가 설치 되어 있으면 삭제하거나, 적용하고자 하는 MPI 환경이 우선적으로
적용되게 해야 한다.

redhat es4 의 경우 openmpi 가 설치 되어 있는 경우, 삭제하길 바란다.
[root@node00 fftw-2.1.5]# ./configure –prefix=/engrid/enhpc/bench/fftw CC=/engrid/enhpc/mpich/intel/bin/mpicc LDFLAGS=-L/engrid/enhpc/mpich/intel/lib CPPFLAGS=-I/engrid/enhpc/mpich/intel/include F77=/engrid/enhpc/mpich/intel/bin/mpif77 –enable-type-prefix –enable-mpi

[root@node00 fftw-2.1.5]# make
[root@node00 fftw-2.1.5]# make install
[root@node00 fftw-2.1.5]# make clean
[root@node00 fftw-2.1.5]# ./configure –prefix=/engrid/enhpc/bench/fftw CC=/engrid/enhpc/mpich/intel/bin/mpicc LDFLAGS=-L/engrid/enhpc/mpich/intel/lib CPPFLAGS=-I/engrid/enhpc/mpich/intel/include F77=/engrid/enhpc/mpich/intel/bin/mpif77 –enable-type-prefix –enable-float –enable-mpi
[root@node00 fftw-2.1.5]# make
[root@node00 fftw-2.1.5]# make install

[root@node00 fftw-2.1.5]# make clean
[root@node00 fftw-2.1.5]# ./configure –prefix=/engrid/enhpc/bench/fftw CC=/engrid/enhpc/mpich/intel/bin/mpicc LDFLAGS=-L/engrid/enhpc/mpich/intel/lib CPPFLAGS=-I/engrid/enhpc/mpich/intel/include F77=/engrid/enhpc/mpich/intel/bin/mpif77 –enable-mpi
[root@node00 fftw-2.1.5]# make
[root@node00 fftw-2.1.5]# make install

2. lammps 설치하기

[root@node00 src]# tar xzvf lammps-22Jun07.tar.gz
[root@node00 src]# cd lammps-22Jun07/src/MAKE
[root@node00 MAKE]# vi Makefile.linux
——————————————————————————
.
CC =            icc
CCFLAGS =       -O -I/engrid/enhpc/mpich/intel/include \
                -I/engrid/enhpc/bench/fftw/include -DFFT_FFTW -DGZIP
DEPFLAGS =      -M
LINK =          icc
LINKFLAGS =     -O -L/engrid/enhpc/mpich/intel/lib \
                -L/engrid/enhpc/bench/fftw/lib
USRLIB =        -lfftw -lmpich
SYSLIB =        -lcxa -lunwind -lstdc++
ARCHIVE =       ar
ARFLAGS =       -rc
SIZE =          size
.
——————————————————————————-

[root@node00 MAKE]# cd ..

특정 모델을 해석하기 위해 아래와 같은 방법으로 package 를 추가할 수 있다.
아래는 class2 모델 해석을 위해 class2 package를 추가하는 것이다.

[root@node00 src]# make package
[root@node00 src]# make yes-class2
[root@node00 src]# make linux
컴파일이 완료되면 lmp_linux 란 실행 파일이 생성 된다. 해당 파일을 적절한 곳에
옮기고 사용하면 된다.
[root@node00 src]# mkdir -p /usr/lammps/bin
[root@node00 src]# cp lmp_linux /usr/lammps/bin/lammps
사용법 :
# mpirun -np 2 -machinefile ~/mf -nolocal /usr/local/lammps/lmp_pgi < ./in.crack

– fftw infiniband 환경 설치
[root@node01 fftw-2.1.5]# ./configure –prefix=/engrid/enhpc/bench/fftw_ib CC=/usr/mpi/intel/mvapich-1.0.0/bin/mpicc LDFLAGS=-L/usr/mpi/intel/mvapich-1.0.0/lib/shared CPPFLAGS=-I/usr/mpi/intel/mvapich-1.0.0/include F77=/usr/mpi/intel/mvapich-1.0.0/bin/mpif77 –enable-type-prefix –enable-mpi
– lammps make.linux 파일
CC =            icc
CCFLAGS =       -O -I/usr/mpi/intel/mvapich-1.0.0/include \
                -I/engrid/enhpc/bench/fftw_ib/include -DFFT_FFTW -DGZIP
DEPFLAGS =      -M
LINK =          icc
LINKFLAGS =     -O -L/usr/mpi/intel/mvapich-1.0.0/lib/shared \
                -L/engrid/enhpc/bench/fftw_ib/lib
USRLIB =        -lfftw -lmpich
SYSLIB =        -lcxa -lunwind -lstdc++
ARCHIVE =       ar
ARFLAGS =       -rc
SIZE =          size
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서진우

슈퍼컴퓨팅 전문 기업 클루닉스/ 상무(기술이사)/ 정보시스템감리사/ 시스존 블로그 운영자

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