Tagged: HPC

Building Gaussian 09 with Intel compiler and MKL

Building Gaussian 09 with Intel compiler and MKL

OK, my previous attempt on g03 has failed. So I try to work on g09 instead.Building of Gaussian with Intel compiler is really a pain (at least for me). Stick...

infiniband 환경에서 HP-MPI 사용 Solver의 통신방식을 강제로 TCP 로 지정하기

infiniband 환경에서 HP-MPI 사용 Solver의 통신방식을 강제로 TCP 로 지정하기

On some Linux machines, Infiniband libraries are installed (for example with OpenMPI) without the corresponding kernel drivers and/or hardware. This could cause a CFD-ACE+ parallel run to stop with error...

Intel OpenMP 사용법

1. Intel Fortran Compiler 설치 2. /opt/intel/Compiler/11.1/073/bin/intel64 에서 ifortvars_intel64.csh, ifortvars_intel64.sh 파일을 /etc/profile.d/ 에 복사하면 환경설정 파일이 loading된다.( OS버전이 x86일 경우에는 /opt/intel/Compiler/11.1/073/bin 의 파일을 복사하면 된다) 3. 환경설정파일이 로딩 되었는지 env...

RHEL6기반 Freesurfer & FSL & Connectome Mapper 환경 구축하기

RHEL6기반 Freesurfer & FSL & Connectome Mapper 환경 구축하기

Freesurfer & FSL & Connectome Mapper 설치 환경 구성하기 작성자 : 서진우 작성일 : 2012년 5월 28일   1. 시스템 소개 FreeSurfer, FSL 은 MRI 뇌 분석 영상 소스를 화면으로...

Parallel Jobs and SGE Parallel

Parallel Jobs and SGE Parallel

1. Parallel Jobs and SGE Parallel Environments When a parallel job starts running under any batch system, a mechanism must be in place through which the batch system dictates to...

sge 환경에서 openmpi 테스트 하기

sge 환경에서 openmpi 테스트 하기

# /opt/openmpi/bin/mpicc mpi_test.c -o mpi_test————————————————————————————— ############### #  mpi_test.c # ############### #include “mpi.h” #include <stdio.h> int main (int argc, char *argv[]) {         int nproc;      ...

Gromacs  MPI 설치하기

Gromacs MPI 설치하기

설치 환경  ● OS : OpenSuse 11.2  ● Arch : x86_64  ● 설치경로 : /opt gcc 업데이트, OpenMPI 설치하기클러스터에 병렬연산을 하기 위해서 꼭 설치해야 되는게 MPI Library 입니다. 파일 받기OpenMPI 에...

intel compiler 최적화 병렬 옵션

intel compiler 최적화 병렬 옵션

인텔 컴파일러에 최적화 옵션 중 하나인 -parallel 옵션을 사용하면 시스템에서 보유한 processor를 이용하여 자동으로 코드를 병렬 처리시켜준다. 이때 기본적으로 시스템이 보유한 모든 core를 이용하게 되는데, 자동으로 병렬화 하는 방식에서모든 core를...

SGE Tuning guide

SGE Tuning guide

발췌 : http://arc.liv.ac.uk/SGE/howto/tuning.html Tuning guide Grid Engine is a full function, general purpose Distributed Resource Management (DRM) tool. The scheduler component in Grid Engine supports a wide range of different...

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