Gromacs MPI 설치하기

설치 환경
  ● OS : OpenSuse 11.2
  ● Arch : x86_64
  ● 설치경로 : /opt

gcc 업데이트,
 
OpenMPI 설치하기
클러스터에 병렬연산을 하기 위해서 꼭 설치해야 되는게 MPI Library 입니다.

파일 받기
OpenMPI 에 가서 tar파일을 받기.

설치
./configure –prefix=/opt/openmpi –enable-mpi-threads
make all
make install
기본적인 thread 기능만을 활성화 한 상태 입니다.

환경설정

OpenMPI 를 사용하기 위한 환경 변수 설정을 합니다. 다음 내용을 가진 /etc/profile.d/openmpi.sh 파일을 만들어 줍니다.

OPENMPI_PATH=/opt/openmpi
MPI_HOME=${OPENMPI_PATH}
if ! echo ${PATH} | /bin/grep -q ${OPENMPI_PATH}/bin ; then
        PATH=${OPENMPI_PATH}/bin:${PATH}
fi
echo “/opt/openmpi/lib” > /etc/ld.so.conf.d/openmpi.conf
ldconfig

확인
ldconfig -p | grep mpi
 
FFTW 설치하기

파일받기

설치
./configure –prefix=/opt/fftw –enable-float –enable-threads –enable-shared

make
make check
make install

환경설정
export CPPFLAGS=-I/opt/fftw/include
export LDFLAGS=-L/opt/fftw/lib
 
Gromacs 설치하기

파일받기

설치
./configure –prefix=/opt/gromacs –with-fft=fftw3 –enable-shared
make
make install
make distclean
 
Gromacs MPI설치

환경설정
export CC=mpicc
export F77=mpif77
export CXX=mpicxx

설치
./configure –enable-mpi –enable-shared –program-suffix=”_mpi” –with-fft=fftw3 –prefix=/opt/gromacs
make
make install
make distclean

확인
ls /opt/gromacs/bin/*_mpi

출처 : http://blog.neosgen.net/48