Gaussian 16 실행 방법

3. 소프트웨어 실행 방법

(1) 환경설정

가우시안16은 module 명령을 통하여 환경을 로드할 수 있습니다.

$ module load gaussian/g16.a03.linda

(2) 스케쥴러 작업 스크립트 파일 작성

누리온 시스템에서는 로그인 노드에서 PBS Pro라는 스케쥴러를 사용하여 작업을 제출해야 합니다.

누리온 시스템에서 PBS를 사용하는 예제 파일들이 아래의 경로에 존재하므로 사용자 작업용 파일을 만들 때 이를 참고하시기 바랍니다.

※ 아래 예제는 누리온 시스템 에서의 가우시안16 LINDA에 대한 예제입니다.

파일 위치: /apps/commercial/test_samples/G16/g16_Linda.sh

#!/bin/sh

#PBS -V

#PBS -N gaussian_test

#PBS -q normal # PBS의 queue를 지정

#PBS -l select=2:ncpu=40:mpiprocs=1:ompthreads=40

#PBS -l walltime=01:00:00 # 예상 작업소요시간 지정 (시:분:초)

#PBS -A gaussian

cd $PBS_O_WORKDIR

export g16root=”/apps/commercial/G16″

export g16BASIS=${g16root}/g16.linda/basis

export GAUSS_EXEDIR=${g16root}/g16.linda

export GAUSS_LIBDIR=${g16root}/g16.linda

export GAUSS_LEXEDIR=${g16root}/g16.linda/linda-exe

export GAUSS_ARCHDIR=${g16root}/g16.linda/arch

export LD_LIBRARY_PATH=”${LD_LIBRARY_PATH}:${g16root}/g16.linda”

export PATH=”${PATH}:${g16root}/g16.linda”

export GAUSS_SCRDIR=”/scratch/${USER}”

nodes=`cat $PBS_NODEFILE`

nodes=`echo $nodes | sed -e ‘s/ /,/g’`

export GAUSS_WDEF=${nodes}

export GAUSS_PDEF=$NCPUS

export GAUSS_MDEF=”10000mb”

g16 test.com

exit 0

– 위 작업 스크립트 파일에서 파란색 부분은 이미 module load를 이용하여 가우시안 환경변수 설정을 했다면 생략가능합니다.

– 2019년 3월 PM 이후(3월14일) 부터는 “#PBS -A gaussian” 옵션이 없는 경우 작업제출이 되지 않습니다.

– GAUSS_PDEF 변수는 %NProcShared 옵션과 동일하며, 입력파일에 %NProcShared 값이 있을 경우 해당 값이 적용 됩니다.

이 때 GAUSS_PDEF 또는 %NProcShared 옵션의 값은 누리온 KNL 계산노드는 68개 코어, SKL 계산노드는 40개 코어가 장착되어져 있기 때문에 계산노드에 맞게 기입하는것이 안정적인 계산 성능이 발휘 됩니다.

– 가우시안16 Rev. A03 버전에서 지원하는 최대 threads 수는 64개 입니다. KNL 계산노드를 이용하는 경우 64개 까지만 사용 바랍니다.

– GAUSS_MDEF 변수는 %Mem 옵션과 동일하며, 입력 파일에 %Mem 값이 있을 경우 해당 값이 적용 됩니다.

– 작업 제출은 스크래치 디렉토리에서만 가능 합니다.

– 사용자별 스크래치 디렉토리는 /scratch/$USER입니다.