gaussian09 binary 패키지 설치하기
Gaussian09 Binary 패키지 설치하기
작성자 : 서진우
1. Gaussian 을 실행할 사용자그룹을 정의하고, 사용자를 해당 그룹에 포함시켜 둔다.
2. 설치 CD에서 패키지를 설치 장소로 복사하고, 압축을 해제한다.
# mkdir /APP/HPC/gaussian
3. 설치 관련 스크립터가 모두 csh 기반임으로 csh 환경으로 로그인 한다.
# /bin/csh
4. 설치 시작
% setenv g09root “/APP/HPC/gaussian”
% cd $g09root
% tar xzvf <gaussian_pkg_path>/tar/*.tgz
% chgrp -R <gaussian_group> g09
% cd g09
% ./bsd/install
5. 환경 설정
# vi /etc/profile.d/gaussian.sh
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#!/bin/sh
g09root=”/usr/gaussian”
GAUSS_SCRDIR=”/tmp”
export g09root GAUSS_SCRDIR
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
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gaussian scratch file 관리 방법 :
gaussian은 계산이 수행될때 Processor ID별로 작업별 고유의 scratch file을 생성한다. 이는 시스템에 많은 I/O을 유발하여 gaussian 계산 성능을 떨어뜨릴 위험성이 존재한다. 가급적 scratch file은 공유 스토리지(NFS)에 위치하지 말고 Local disk 에 위치시킨다.
작업이 정상적으로 종료하면 scratch 파일은 자동으로 삭제된다. 하지만 비정상 종료시에는 파일이 그대로 남게된다. 오랜 시간 운영하다보면 scratch가 생성되는 디렉토리가 disk full 이 날수 있다.
운영작업 시 모든 gaussian 계산을 중지하고, 해당 디렉토리 용량을 점검하여 잔류된 파일은 삭제하길 바란다. /etc/rc.d/rc.local 에 rm 명령으로 부팅시 scratch 파일을 자동 삭제하는 것이 운영상 용이하다.
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