AMBER9 설치 방법 – openmpi 연동
이건 수년전 작성해놓은 AMBER 9 설치 메뉴얼인데 CHARMm 에서 쓰는 MPICH 와의 충돌을 막기위해 open mpi 로 설치하였다. 컴파일러는 g95라는 공개 컴파일러를 사용하였고
by 서진우 · Published · Updated
이건 수년전 작성해놓은 AMBER 9 설치 메뉴얼인데 CHARMm 에서 쓰는 MPICH 와의 충돌을 막기위해 open mpi 로 설치하였다. 컴파일러는 g95라는 공개 컴파일러를 사용하였고
Tags: HPC
서진우
슈퍼컴퓨팅 전문 기업 클루닉스/ 상무(기술이사)/ 정보시스템감리사/ 시스존 블로그 운영자
by 서진우 · Published 2010년 12월 6일 · Last modified 2014년 12월 24일
by 서진우 · Published 2011년 8월 8일 · Last modified 2014년 12월 24일
by 서진우 · Published 2017년 1월 6일
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안녕하세요.
저는 SIESTA라는 코드를 컴파일 하다가 생긴 문제를 해결 할 수 없어서, 구글 검색을 하다가 우연히 여기 블로그를 발견하게 되어 도움을 받고자 연락을 드립니다. 혹시 시간이 되신다면 제가 몇가지 질문을 드려도 괜찮을까요?
네..괜찮습니다. ^^
정말 감사합니다. ^^
SIESTA code는 정상적으로 잘 컴파일이 되었습니다. 하지만 작업 수행을 하면, 아래와 같은 에러 메세지가 발생합니다. 작업은 정상적으로 수행되는 것 처럼 보이지만, standard output을 보면, 같은 내용들이 중복되어 기록되어 있는 증상이 있습니다. 혹시 아래의 error 메세지를 통해 어떤 문제인지 확인해 주실 수 있으신가요?
No species found!!!
ERROR STOP from Node: 0
[unset]: aborting job:
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) – process 0
안녕하세요. 근래 자리에 붙여 있지 않아서 답변이 늦었습니다.
관련해서 알려진 이슈가 있습니다.
siesta code 의 몇몇 샘플예제에서 NumberOfspecies 값이 정의 되지 않는 경우가 있다고 합니다.
이때 발생하는 오류가 “No species found” 라고 합니다.
input file 의 내용들이 적합한지를 확인해 보시는 것이 좋을듯 합니다.
시간 내시어 살펴봐 주셔서 정말 감사드립니다. ^^ 한번 확인해 보도록 하겠습니다.
확인해 보니 INPUT 파일에 NumberOfSpecies값은 제대로 정의되어 있었습니다. serial 작업은 에러 없이 정상적으로 수행되는 것을 보면 병렬 처리 과정에서 문제가 발생하는 것 같습니다..
혹시 2대 이상의 계산 노드로 작업하시는지요? 만일 2대 이상의 계산 노드를
사용할 경우, 계산 노드간 공유 파일 서비스 환경이 구축되어 있지 않을 경우,
두 계산 노드의 동일한 드렉토리 경로에 INPUT 파일 및 기타 작업에 필요한 파일
들이 존재 해야 합니다.
에러 메세지 만 보면, 병렬 계산에 할당된 특정 프로세서에서 INPUT 파일에서
species 값을 찾지 못한다고 나오는 걸 보아, 이런 상황에 영향을 줄수 있는
부분에 대해 살펴보시는 것이 좋을듯 합니다.