[HPC] Gaussian 03 설치 및 사용하기
## Gaussian 03 설치 및 사용하기
작성일 : 2008년 7월 2일
작성자 : 서진우
gaussian03 최신 소스 패키지를 구한다.
1. PGI 컴파일러를 설치한다.
2. /usr/gaussian 디렉토리를 생성한다.
3. /usr/gaussian 디렉토리에 소스패키지를 옮겨둔다.
4. tar xzvf gaussian_source.tgz
5. 설치 관련 스크립터가 모두 csh 기반이다. csh 쉘 환경으로 로그인한다.
# /bin/csh
% setenv g03root “/usr/gaussian”
% cd $g03root
% cd g03
% ./bsd/install
% source $g03root/g03/bsd/g03.login
위 액션 시 gau-machine : Command not found 라고 뜨는 경우가 있는데,
무시 한다. 아래 make 시 gau-machine 파일이 자동 생성된다.
% bsd/bldg03 >&make.log
% exit
설치가 완료되었다. 정상적으로 설치가 완료되면 ..
$g03root/g03/*.exe 파일이 80개가 생성된다.
# ls -1 $g03root/g03/*.exe | wc -l
80
6. 환경 설정을 한다.
# vi /etc/profile.d/gaussian.sh
———————————————————————-
#!/bin/sh
g03root=”/usr/gaussian”
GAUSS_SCRDIR=”/tmp”
export g03root GAUSS_SCRDIR
. $g03root/g03/bsd/g03.profile
———————————————————————
GAUSS_SCRDIR 은 gaussian 해석 수행 시 scratch 파일이 생성되는 곳이다.
gaussian scratch 파일은 문제에 따라 엄청난 부하를 유발한다. 구현할 수 있는
최상의 Disk I/O 처리 환경을 구축하고, 해당 경로를 GAUSS_SCRDIR 로 사용하면
된다.
Lustre or RAID-0 ( disk number : 4+ )
7. gaussian 실행
예제 파일을 해석 작업 디렉토리에 복사한 후 ..
# g03 < 예제파일 > output.log
혹은 아래 스크립터를 만들고..
# vi run_gaussian.sh
————————————————————————-
#!/bin/sh
source /etc/profile.d/gaussian.sh
echo “#############################################################”
echo “start date : `date`”
echo “#############################################################”
time g03 < g03test
echo “#############################################################”
echo “end date : `date`”
echo “#############################################################”
————————————————————————
# chmod 755 run_gaussian.sh
# ./run_gaussian.sh &> output.log < /dev/null &
# tail -f output.log
