pgi compiler 환경에서 lammps 설치하기

pgi compiler 환경에서 lammps 설치하기

1. 시스템 및 소프트웨어 환경

1.1 시스템은 x86기반 리눅스 클러스터로, MPI용 네트웍은 이더넷이며,

    운영체제는 CentOS 4.2 (RedHat EL4 update2 호환) 입니다.

1.2 패키지 버전

– lammps-4Oct06 ( http://lammps.sandia.gov/download.html : 오픈소스 )

* LAMMPS upgrade를 선택하여 다운로드 합니다.

* mpich는 이미 설치 되었다고 가정합니다. (기술자료 참고)

* 이 문서의 작업 예는 root계정에서 실행하는 것입니다.

* vi를 실행하는것은, 그 이후에 나오는 코드를 해당 파일에 추가하거나,

  편집하는 것을 뜻합니다.

2. lammps-4Oct06 설치

– 압축을 풀고, 다음과 같이 Makefile.pgi를 생성합니다.

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# tar xzvf ./lammps-upgrade.tar.gz

# cd ./lammps-4Oct06/src/MAKE

# vi Makefile.pgi

———————————————–

nux = RedHat Linux box, PGI pgcc, MPICH, FFTW

SHELL = /bin/sh

#.IGNORE:

# System-specific settings

CC =            mpiCC

CCFLAGS =       -O -I/usr/local/mpich/include \\

                -I/usr/local/include \\

                -DFFT_NONE -DGZIP

DEPFLAGS =      -M

LINK =          mpiCC

LINKFLAGS =     -v -O -L/usr/local/mpich/lib \\

                -L/usr/local/lib

USRLIB =        -lmpich

SYSLIB =

SIZE =          size

# Link rule

……

———————————————–

# cd ..

# make pgi

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– 심볼릭 링크를 해줍니다.

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# mkdir /usr/local/lammps-4Oct06

# cp ./lmp_pgi /usr/local/lammps-4Oct06/

# ln -s /usr/local/lammps-4Oct06 /usr/local/lammps

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3. 예제 실행

– 먼저 노드를 지정하기 위해, 머신파일을 생성합니다.

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# vi ~/mf

——————————————–

node001

node002

——————————————–

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– 소스에 포함된 crack예제를 홈디렉토리로 이동합니다.

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# cp -r ../examples/crack ~/

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– cpu개수 2개, 머신파일 ./mf, 마스터노드에서는 실행하지 않는 옵션으로 mpirun을

  실행합니다.

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# cd ~/crack

# mpirun -np 2 -machinefile ~/mf -nolocal /usr/local/lammps/lmp_pgi < ./in.crack

……

Nlocal:    8141 ave 8141 max 8141 min

Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Nghost:    0 ave 0 max 0 min

Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Neighs:    70723 ave 70723 max 70723 min

Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0

Total # of neighbors = 70723

Ave neighs/atom = 8.68726

Neighbor list builds = 489

Dangerous builds = 0

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– 실행내역은 표준출력과 log.lammps파일로 각각 출력됩니다.

* 노드의 사양과 cpu갯수에 따라 시간이 오래 걸릴 수 있습니다.