sge 환경에서 openmpi 테스트 하기

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# /opt/openmpi/bin/mpicc mpi_test.c -o mpi_test
—————————————————————————————

###############
#  mpi_test.c #
###############
#include "mpi.h"
#include <stdio.h>
int main (int argc, char *argv[])
{
        int nproc;
        int iproc;
        char proc_name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];
        int nameLength;
        MPI_Init (&argc, &argv);
        MPI_Comm_size (MPI_COMM_WORLD, &nproc);
        MPI_Comm_rank (MPI_COMM_WORLD, &iproc);
        MPI_Get_processor_name (proc_name, &nameLength);
        printf ("Hello, World! I am %s with %d of %d\n", proc_name, iproc, nproc);
        MPI_Finalize ();
        return 0;
}

—————————————————————————————

# qsub isbyeon_test.sh
—————————————————————————————

################### # isbyeon_test.sh ####################
#!/bin/bash
## SGE에서는 행의 첫 부분에 “#$”가 위치하면 “주석”이 아니라 “옵션”으로 인식.
 
#$ -q all.q
## Queue를 지정.
 
#$ -pe fill_up 12
## mpi를 사용하므로 fill_up을 사용하여 총 12 core를 할당(compute-0-0 4core, compute-0-1 8core)
 
#$ -N isbyeon_mpi
## 실행시킬 Job의 이름을 지정
 
#$ -o isbyeon_mpi.out
## 결과물이 저장된 파일의 이름을 지정.
## 지정하지 않을 경우 Job_name.o##의 형식으로 저장됨.
 
#$ -e isbyeon_mpi.err
## 표준에러가 저장된 파일의 이름을 지정.
## 지정하지 않을 경우 Job_name.e##의 형식으로 저장됨.
 
#$ -S /bin/bash
## SHELL을 지정할 필요가 있을 경우
 
#$ -cwd
## 결과물의 생성위치를 Job을 Submit한 디렉토리로 지정
 
echo "Got $NSLOTS slots."
cat $TMPDIR/machines
## $NSLOT은 할당된 job의 숫자.
## $TMPDIR/machines는 할당된 노드가 한 줄에 하나씩 표시된 임시파일.
## 위의 두가지 정보를 가지고 MPI job을 실행
 
cd $SGE_O_WORKDIR
## $SGE_O_WORKDIR은 qsub명령을 실행한 디렉토리
 
export MPI_EXEC=/opt/openmpi/bin/mpirun
$MPI_EXEC -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines $SGE_O_WORKDIR/mpi_test
---------------------------------------------------------------------------------------
[isbyeon@isc ~]$ qstat -f
queuename                      qtype resv/used/tot. load_avg arch          states
---------------------------------------------------------------------------------
all.q@compute-0-0.local        BIP   0/0/4          0.00     lx26-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
all.q@compute-0-1.local        BIP   0/0/8          0.00     lx26-amd64
############################################################################
 - PENDING JOBS - PENDING JOBS - PENDING JOBS - PENDING JOBS - PENDING JOBS
############################################################################
     71 0.00000 isbyeon_mp isbyeon      qw    08/04/2010 16:34:42    12
 
[isbyeon@isc ~]$ qstat -f
queuename                      qtype resv/used/tot. load_avg arch          states
---------------------------------------------------------------------------------
all.q@compute-0-0.local        BIP   0/4/4          0.00     lx26-amd64
     71 0.55500 isbyeon_mp isbyeon      r     08/04/2010 16:34:57     4
---------------------------------------------------------------------------------
all.q@compute-0-1.local        BIP   0/8/8          0.00     lx26-amd64
     71 0.55500 isbyeon_mp isbyeon      r     08/04/2010 16:34:57     8

출처 : http://isyr.tistory.com/826

Tags:

서진우

슈퍼컴퓨팅 전문 기업 클루닉스/ 상무(기술이사)/ 정보시스템감리사/ 시스존 블로그 운영자

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7 Responses

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