mpich2 설치 및 사용하기

mpich2  여러노드 연결하여 사용하기

[] mpd 띄우기

vi ~/.mpd.conf  mpd를 띄우기 위한 환경설정 파일

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MPD_SECRETWORD=mr45-j9z

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chmod 600 ~/.mpd.conf

master node : mpd –listenport=4268

slave node : mpd -h mmfe -p 4268 -n

여기서 slave의 -h 뒤에는 master node의 hostname을 써줘야 한다.

mpiexe로 모델을 던질때 mpich통신은 mpich2같은경우에는 시스템 hostname과 같아야한다.

[] 각 노드들이 하나의 mpd로 묶였는지 확인하기

mpdtrace -l   or mpdtrace

이렇게 명령을 날려주면 mpd 묶인 hostname list가 전체 출력된다.

[] 모델 실행하기

mpiexe -n cpu_number -host 시스템_hostname -wdir 모델file이존재하는디렉토리 모델file : -n cpu_number -host 다음_시스템_hostname -wdir 모델file이존재하는디렉토리  모델file

예제) mpiexe -n 4  -host mmf7 -wdir /usr/local/mpich2-1.0.5p4_pgi-706_64/share/examples_logging cpilog : -n 4 -wdir /usr/local/mpich2-1.0.5p4_pgi-706_64/share/examples_logging -host mmfe cpilog

[] 모델 실행하기

일반적인 mpirun하고 약간 유사 (단일 노드 실행시)

[]mpich2 컴파일하기

export RSHCOMMAND=/usr/bin/rsh

./configure –prefix=/usr/local/mpich2-1.0.5p4_pgi-706_64

or

export RSHCOMMAND=/usr/bin/rsh

./configure CXX=pgCC CC=pgcc F77=pgf77 F90=pgf90 CFLAGS=”-I../include -O2 -tp k8-64 -pc 64 -fastsse”  FFLAGS=”-I../include -O2 -tp k8-64 -pc 64 -fastsse” CXXFLAGS=”-I../include -O2 -tp k8-64 -pc 64 -fastsse” F90FLAGS=”-I../include -O2 -tp k8-64 -pc 64 -fastsse” -prefix=/usr/local/mpich2-1.0.5p4-pgi-706_64 –enable-timing=runtime –enable-f77 –enable-f90 –enable-cxx –enable-romio –enable-threads=multiple –enable-mpe –with-thread-package=pthreads

컴파일하다가 에러나면 header file을 못찾아서 생기는 증상이므로 아래의 주소를 INCLUDES 옵션에

추가해주면 깔끔하게 컴파일된다. 각 에러나는 디렉토리의 Makefile에 추가해준다.

#Add error Makefile around INCLUDES options

#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/common/datatype  \\

#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/common/sock  \\

#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/common/sock/poll  \\

#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/include  \\

#-I/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/channels/sock/include

에러났던 디렉토리들

여기서 /opt/CEPluster/work/mpich는 본인이 mpich2-1.0.5p4 컴파일하기위해 압축 풀어놓은 위치입니다. 자신의 컴퓨터 환경에 맞도록 수정하셔야합니다.

#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/common/sock/poll

#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/channels/sock/src

#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/src

#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpi/romio/mpi-io

#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpi/romio/adio/common

#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpi/romio/mpi-io/glue/mpich2

#/opt/CEPluster/work/mpich/mpich2-1.0.5p4/src/mpid/ch3/util/sock