Gaussian 관련 문서

[장애사례 1] GAUSSIAN 작업 ERROR 발생

=file.err=================================================================

No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is “”

: Error 0

Signal 11: segmentation violation

PROCEDURE TRACEBACK:

( 0)  0x4000000000041924   gauabt_ + 0x94  [/applic/gaussian/g98/g98]

( 1)  0x400000000004310c   gperror + 0x5c  [/applic/gaussian/g98/g98]

( 2)  0x400000000003f9ec   getexen_ + 0x3f4  [/applic/gaussian/g98/g98]

( 3)  0x400000000003ddc4   ml0 + 0x4c4  [/applic/gaussian/g98/g98]

real        0.07

user        0.68

sys         0.04

=file.out=================================================================

Sender: LSF System

Subject: Job 218: Exited

Job was submitted from host by user .

Job was executed on host(s) <16*sd32>, in queue , as user .

was used as the home directory.

was used as the working directory.

Started at Thu Dec 20 16:31:04 2001

Results reported at Thu Dec 20 16:31:05 2001

Your job looked like:

————————————————————

# LSBATCH: User input

#BSUB -m hostname

#BSUB -q gaussian

#BSUB -n 4

#BSUB -M 2000

#BSUB -J khchem18

#BSUB -o /khusr/sysadm/username/gaussian/test.out

#BSUB -e /khusr/sysadm/username/gaussian/test.err

cd /khusr/sysadm/username/gaussian/bmt/input/

timex /applic/gaussian/g98/g98 < khchem18.com > khchem18.log

————————————————————

Exited with exit code 245.

Resource usage summary:

    CPU time   :      0.83 sec.

    Max Memory :         1 MB

    Max Swap   :         2 MB

    Max Processes  :         1

The output (if any) follows:

PS:

Read file for stderr output of this job.

======================================================================

위 와같이 장애가 발생하였다면 먼저 스크래치디렉토리를 확인 하시기 바랍니다.

스크래치 디렉토리가 존재하지 않거나 메모리가 FULL 시  위 와같은 ERROR 발생하니 참고 바랍니다

**** Gaussian batch job 작성및 실행방법

%vi .cshrc

setenv g98root /applic/gaussian

setenv GAUSS_SCRDIR /khtmp/pctmp/temp => 본인 스크래치 디렉토리설정

source $g98root/g98/bsd/g98.login

:wq

%vi test.bat

#BSUB -m sdome    => host설정

#BSUB -q gaussian  => 선택queue

#BSUB -n 2    => cpu 갯수

#BSUB -J test   => job name

#BSUB -P test  => project name

#BSUB -o test.out   => output

#BSUB -e test.err  => error

cd  /khusr/sysadm/dslim/temp

timex g98 < test.com > test.log

:wq

%bsub < test.bat

***** Gaussian LoadLeveler 이용 batch job 사용법

%vi .cshrc

setenv MANPATH /usr/lpp/LoadL/full/man <= 추가 man page

setenv g98root /applic/gaussian98

setenv GAUSS_SCRDIR /xtmp1/dsl

source $g98root/g98/bsd/g98.login

setenv GAUSS_EXEDIR /applic/gaussian98

:wq

%vi sample.bat

#@ job_type = serial

#@ class = p_normal

#@ resources = ConsumableCpus(4)

#@ wall_clock_limit = 3:00:00

#@ output = /inst/qksc02/dsl/gauss_1/khchem02.out

#@ error = /inst/qksc02/dsl/gauss_1/khchem02.err

#@ queue

cd /inst/qksc02/dsl/gauss_1

/usr/bin/timex /applic/g98/g98 < khchem02.com > khchem02.log

:wq

%llsubmit sample.bat

***** Gaussian에 대하여

컴퓨터의 발전에 따라 불과 몇 년전만 해도 대형컴퓨터에서만 수행할 수 있으리라고 생각되 던 ab initio 분자궤도함수의 계산이 PC를 이용하여서도 가능하게 되었다. 특히, ab initio MO 계산에 가장 많이 사용되는 프로그램이 바로 GAUSSIAN이다. 이 프로그램은 unix용 버전과 window용 버전, 두가지로 시판되고 있으며, 최신 버전은 GAUSSIAN 98이다. 물론, 개인 PC를 이용하는 경우 계산할 수 있는 분자의 크기가 컴퓨터의 연산속도 및 사용할 수 있는 하드디스크의 용량 때문에 제한을 받게 된다.

GAUSSIAN으로 할 수 있는 기능은 다음과 같다.

맨 먼저 가장 기본적인 분자의 성질인 분자의 구조 및 에너지를 계산할 수 있다. 특히 들뜬 상태의 에너지 계산 및 안정한 구조의 계산도 가능하다. 에너지라 함은 분자간의 상대적인 에너지는 물론 분자의 생성 에너지 및 화학 결합 에너지도 포함된다. 또한 화학반응의 경로 를 계산할 수 있는데 반응경로 상에서 가장 중요한 점인 전이상태(Transition State : TS) 의 계산은 물론이고 이 TS로부터 시작하여 반응물 및 생성물과 가장 낮은 에너지 경로를 따라 연결해 주는 고유 반응 경로 (Intrinsic Reaction Coordinate : IRC)의 계산도 가능하다. 계산의 결과로 얻어진 파동함수로부터 분자 내의 전자밀도의 계산도 가능하며 적절한 양자 역학적 연산자(operator)를 이용하면 여러가지 전기적 성질들을 얻을 수 있다. 예를 들면 정전기적 장이나 정전기적 포텐셜의 계산이 가능하며 분자의 편극도, 초편극도 및 여러 다극 전기 모멘트를 얻을 수 있다. 포텐셜 에너지 표면의 최소에너지 점에서 좌표로 이차 미분하여 조 화 진동자의 가정하에 Hook 법칙의 힘상수값을 얻을 수 있다. 이 힘상수를 이용하여 분자 의 진동 운동 모드를 계산할 수 있다. 또한 계산된 진동수 및 진동모드가 IR 및 Raman에 활성인가의 여부를 알 수 있고 각 진동 모드의 세기를 계산할 수 있다.

이 프로그램의 특징 중의 하나는 Hartree-Fock 수준에서 용액속에 있는 분자의 에너지, 구조 및 진동에 대한 계산을 수행할 수 있다는 점이다. Onsager Reaction Field model을 사용 하여 Self-Consistent Reaction Field(SCRF) 계산을 수행하는 데 분자의 효율적 반경과 용매 의 유전상수값을 알면 계산이 가능하다. 특히 분자의 효율적 반경 계산을 위하여 필요한 분 자의 부피를 계산하는 것도 역시 가능하다. 앞으로 다음 버전에서는 더 많은 종류의 성질들 이 용액 상에서 계산이 가능하게 될 것이다. 용액 상태에서의 분자 성질의 계산은 양자화학 적 계산의 유용도를 많이 증대시켜 줄 것이다.

이 프로그램에서는 반경험적인 분자궤도함수 (Semi-emperical MO)의 계산도 가능하며 ab initio 계산의 방법 및 바탕집합(basis set)도 여러 종류가 있다. 따라서 계산할 분자의 크기, 계산의 원하는 정확도 및 계산할 물리적 성질에 따라서 방법 및 basis set 선택의 폭이 매 우 넓다. 가능한 basis set으로는 Minimal(STO-3G, …), Split-valence(3-21G, …), Polarized (6-31G(d), 6-31G(d,p), …), Diffused(6-311+G(d,p), …), 및 큰 각운동량을 포함한 (6-311G(2d,p), … (6-311++G(3df,3pd), …) 등이다. 또한 방법적으로는 HF, MP2, MP3, MP4, QCISD(T), … 등 매우 다양한 방법들로 계산이 가능하다.

***** Gaussian performance

가우시안의 프로세서 개수 최적화 개수는

대부분 1개 혹은 4개

Choosing A Number Of Processors

Gaussian is a natively multithreaded application. However, not all calculation types parallelize well or at all. In fact, most run best as single-threaded processes. The following table shows the best use of Gaussian with respect to the number of processors:

Method Energy Gradient / Opt Freq / Hessian

HF 4 4 4

HDFT 4 4 4

Pure DFT 4 4 4

MP2 4 3 1-2

MP3 1 1  

MP4 2-4    

MP5 1    

CCD 1 1  

CCSD 1 1  

CCSD(T) 2-4    

CIS 4 3  

CISD 1 1  

AM1 1 1  

Only HF, DFT, CCSD(T), CIS, and MP2/MP4 jobs will benefit from running with a %NProcShared=4 on dual core nodes. All others should be run with %NProcShared=2 (or 1).

참고싸이트 :http://biowulf.nih.gov/apps/gaussian/

서진우

서진우

슈퍼컴퓨팅 전문 기업 클루닉스/ 상무(기술이사)/ 정보시스템감리사/ 시스존 블로그 운영자

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