[HPC] Gaussian 03 설치 및 사용하기

## Gaussian 03 설치 및 사용하기

작성일 : 2008년 7월 2일

작성자 : 서진우

gaussian03 최신 소스 패키지를 구한다.

1. PGI 컴파일러를 설치한다.

2. /usr/gaussian 디렉토리를 생성한다.

3. /usr/gaussian 디렉토리에 소스패키지를 옮겨둔다.

4. tar xzvf gaussian_source.tgz

5. 설치 관련 스크립터가 모두 csh 기반이다. csh 쉘 환경으로 로그인한다.

# /bin/csh

% setenv g03root “/usr/gaussian”

% cd $g03root

% cd g03

% ./bsd/install

% source $g03root/g03/bsd/g03.login

위 액션 시 gau-machine : Command not found 라고 뜨는 경우가 있는데,

무시 한다. 아래 make 시 gau-machine 파일이 자동 생성된다.

% bsd/bldg03 >&make.log  

% exit

설치가 완료되었다. 정상적으로 설치가 완료되면 ..

$g03root/g03/*.exe 파일이 80개가 생성된다.

# ls -1 $g03root/g03/*.exe | wc -l

80

6. 환경 설정을 한다.

# vi /etc/profile.d/gaussian.sh

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#!/bin/sh

g03root=”/usr/gaussian”

GAUSS_SCRDIR=”/tmp”

export g03root GAUSS_SCRDIR

. $g03root/g03/bsd/g03.profile

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GAUSS_SCRDIR 은 gaussian 해석 수행 시 scratch 파일이 생성되는 곳이다.

gaussian scratch 파일은 문제에 따라 엄청난 부하를 유발한다. 구현할 수 있는

최상의 Disk I/O 처리 환경을 구축하고, 해당 경로를 GAUSS_SCRDIR 로 사용하면

된다.

Lustre or RAID-0 ( disk number : 4+ )

7. gaussian 실행

예제 파일을 해석 작업 디렉토리에 복사한 후 ..

# g03 < 예제파일 > output.log

혹은 아래 스크립터를 만들고..

# vi run_gaussian.sh

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#!/bin/sh

source /etc/profile.d/gaussian.sh

echo “#############################################################”

echo “start date : `date`”

echo “#############################################################”

time g03 < g03test

echo “#############################################################”

echo “end date : `date`”

echo “#############################################################”

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# chmod 755 run_gaussian.sh

# ./run_gaussian.sh &> output.log < /dev/null &

# tail -f output.log